南京的双胞胎亲子鉴定能否区分需分情况讨论：异卵双胞胎可通过常规检测区分各自生父，同卵双胞胎因DNA高度一致无法通过常规检测区分，但可通过全基因组测序等特殊技术尝试区分（成本高且技术复杂）。以下是具体分析：

异卵双胞胎：DNA不同，常规检测可区分

形成机制：异卵双胞胎是由两个不同的卵子分别与两个精子结合发育而成。因此，他们在遗传学上的关系与普通亲兄弟姐妹无异，只是刚好在同一时间出生。

亲子鉴定可行性：由于异卵双胞胎的DNA完全不同，常规的亲子鉴定技术（如STR分型）即可准确、清晰地鉴定出各自的生物学父亲是谁，结果绝不会混淆。

同卵双胞胎：DNA几乎完全相同，常规检测难以区分

形成机制：同卵双胞胎是由一个受精卵分裂而成，拥有几乎完全相同的基因组，如同“克隆体”。

亲子鉴定挑战：在常规的亲子鉴定中，通常检测的是STR基因位点。对于同卵双胞胎来说，由于他们的DNA几乎完全相同，因此无法通过常规的检测手段区分他们与同一男性的血缘关系。

特殊技术尝试：虽然常规检测难以区分同卵双胞胎，但理论上可以通过全基因组测序等更高级的技术，从极细微的基因突变差异中辨别个体。然而，这些技术成本高且技术复杂，多用于科研场景，并不常规应用于亲子鉴定。

亲子鉴定在南京的实践情况

正规机构：南京拥有多家正规、专业的亲子鉴定机构，这些机构具备先进的检测技术和专业的鉴定人员，能够处理各种亲子鉴定业务，包括双胞胎的亲子鉴定。

技术选择：对于异卵双胞胎，常规的亲子鉴定技术即可满足需求；对于同卵双胞胎，虽然常规检测难以区分，但鉴定机构可以根据客户需求和实际情况，提供相关的技术咨询和建议。